Eesti Raudtee jaamade struktuur koosneb väiksematest e. vahejaamadest, mis on kinnitatud suuremate e. tugijaamade juurde. Allpool on esitatud vahe- ja tugijaamade nimekiri koos telefoni- ja faksinumbritega.
Tartu piirkond
Nõmmküla, Tamsalu, Kiltsi, Rakke, Vägeva, Pedja, Jõgeva, Kaarepere, Tabivere, Kärkna, Reola, Vastse-Kuuste, Põlva, Veriora, Orava, Koidula, Ropka, Nõo, Elva, Palupera, Puka, Keeni, Sangaste, Valga, Karula, Antsla, Sõmerpalu, Võru, Lepassaare, Piusa
Piirkonna juhataja: 5063816. jaamakorraldaja: 6158444
Narva piirkond
Kadrina, Rakvere, Vaeküla, Kabala, Sonda, Kiviõli, Püssi, Kohtla, Jõhvi, Oru, Vaivara, Auvere, Soldina
Piirkonna juhataja: 53407039, jaamakorraldaja: 6158603
Ülemiste-Tapa piirkond
Lagedi, Raasiku, Kehra, Aegviidu, Tapa
Piirkonna juhataja: 5263797, jaamakorraldaja: 6158216
Tallinna ja Lääne-Harju piirkond
Pääsküla, Valingu, Keila, Klooga
Piirkonna juhataja: 58005580, jaamakorraldaja: 6158221
Muuga-Maardu jaamad
Muuga
Piirkonna juhataja: 5187407, jaamakorraldaja: 6158403